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在南京财经大学，他还曾任副院长系主任助理和经济系主任等职务在学术界，石奇教授是多项重要项目的负责人，包括国家社会科学基金项目教育部人文社会科学重点研究基地重大项目等，他发表的学术论文超过80篇，其中多篇被权威期刊如中国工业经济和经济学动态收录，部分成果还被中国人民大学复印报刊资料。

他在此期间历任化学工业部出版处副处长国家经济委员会企业局处长，并于1988年晋升为高级工程师他随后在国家计划委员会经济消息编辑部国务院生产办公室政策研究室国务院经济贸易办公室政策法规司国家经济贸易委员会经济干部培训司担任副职，并兼任中国企业管理培训中心副主任主持中国企业史。